Şu an Caminin kuzey kanadını oluşturan bölümü 907 yılında VI. Leon (886-912) döneminde Konstantinos Lips Manastiri olarak inşa edilmiştir.
Zamanla tahrip olan kilise 1261 yılından sonra yıkılmış ve 14. yy. başlarında restore edilmiştir . A. Megaw tarafından inşa edilen ikinci bir kiliseyle bugün ki görünümünü kazanmış olan eser 15. yy. sonlarına doğru Fenari Alaaddin Ali Efendi tarafından mescide çevrilmiştir . Sultan Murat IV. zamanında Şeyh İsa el Mahvi, manastır hücrelerini Halveti zaviyesi yapmıştır . Molla Fenari İsa ismide bu iki kişiden gelmektedir .
1633 yılında çıkan büyük bir yangın sonrasında tahrip olan eser Sadrazam Bayram Paşa tarafından onartılmış ve cami olarak hizmet vermeye başlamıştır . 1918′deki yangında hasar görmüş olam Camii son olarak 1960 yılında tekrar restore edilmiştir .
Caminin doğu kısmında Yavuz Sultan Selim döneminde kullanılmaya başlanan bir medrese mevcuttur . Bugün bu kısım tıp kiliniği olarak kullanılmaktadır.
