Kanuni Sultan Süleyman tarafından babası Yavuz Sultan Selim'in hayrına 1548-1550 tarihinde yaptırılmış olup esas ismi Yavuz Selim Medresesi ya da Yenibahçe Selim Medresesi'dir .Mimar Sinan eseri olan yapıya çevreden gelen istekler sonucu 1563 tarihinde bir minber ve minare eklenerek , eser mescid haline getirilmiştir. Sonraki yıllarda Sultan Selim I. tahta çıktığında çadırını bu mekanda kurdurmuş ve buraya bir medrese yapılmasını emretmiştir.
1914'te yapılan tespitte çalışır durumda olan yapı çevrede çıkan yangından sonra 1918'de aşhane olarak kullanılmaya başlanmış ve aynı yıl çıkan diğer bir yangında önemli ölçüde hasar görmüştür.
1958-1962 yılları arasında Vakıflar Genel Müdürlüğünce restore edilerek 1968'de Türk Hat Sanatları Müzesi olarak kullanılmaya başlanmıştır. Bu onarım sırasında 1942'de yıkılmış olan minare yeniden yapılmamıştır.1980 yılında boş kalan binanın restoresi 1989-1992 yılları arasında Sağlık Vakfı tarafından üstlenilmiştir.Son olarak binada 1992 yılından sonra ŞADİYE HATUN TIP MERKEZİ olarak sağlık hizmeti verilmektedir.
