Zeynep Sultan Camii Sultan Ahmet III. zamanında (1769) kızı Zeynep Sultan tarafından Mimar Mehmet Tahir ağaya yaptırılmış olan barok tarzı bir camidir bu nedenle eski Bizans Kiliselerini andırmaktadır . Barok tarzı olmasında yapıldığı dönem itibariyle lale devrininde etkisi vardır . Haziresinde bayraktar olarak katıldığı savaşlarda büyük yararlar gösterdiği için Alemdar lakabını alan Rusçuk Ayanı Alemdar Mustafa Paşa'nın Mezarı medfundur . Ayaklanma ile Sultan Mahmut II. ' i tahta geçirip Sultan'ın sadrazamlığını yapmış olan Alemdar Mustafa Paşa Sultan Üçüncü Selim'in katillerinin cezalandırılmasını sağlamıştır . Alemdar Mustafa Paşa'nın dört ay süren sadrazamlığı sırasındaki en önemli icraatları Sened-i İttifak'ı imzalatması ve kaldırılmış olan Nizam-ı Cedid'in yerine Sekban-ı Cedid askeri ocağını kurması olmuştur bu nedenle yeniçeriler tarafından öldürülmek istenmiş ancak evini havaya uçurarak 600 'e yakın yeniçeri ile birlikte kendisini öldürmüştür. Cesetide Yeniçeriler tarafından İstanbul sokaklarında gezdirilmiş ve Yedikule Zindanları'na atılmıştır .Cenazesi II. Meşrutiyetin ilanından sonra törenle Zeynep Sultan Camii Bahçesine nakledilmiştir .
Haziresindeki diğer mezarlar ise Zeynep Sultan ve Eşi Melek Mehmet Paşa'ya aittir . 1912 yılında Zeynep Sultan Türbesi istimlak edilmiştir ve cenazesi camii bahçesine defnedilmiştir .
Camii en son olarak 1983 yılında Camii cematı tarafından restore edilmiştir .
