1916 yılında Ali Emiri efendi'nin 16.000'i aşkın nadir eserden oluşan özel kitap koleksiyonunu bağışlaması ile kurulmuş olan Feyzullah Efendi Medresesi'nde bulunan kütüphane .
Medreseye ait koleksiyon ve toplanan diğer kitaplarla zenginleşen kütüphanede bugün 9.000'i el yazması, 30.000'i arap harfli toplam 70.000 kitap bulunmaktadır. Müze olarak kullanılan bölümünün duvarlarındaki değerli hatların yanı sıra Sultan Mahmud II.'nin yazdığı levhalarla, arapça gazete ve süreli yayınlar ve Kaşgarlı Mahmut'un Divanü Lügat-it-Türk eserinin bilinen tek baskısı kütüphanede bulunan önemli şeylerin arasındadır. 1993 yılında araştırma kütüphanesi özelliğini kazanan Fatih Millet Yazma Eser Kütüphanesi'nde, şu an dewey onlu sistemi'ne göre hazırlanmış katalog kullanılmaktadır. Bunun yanısıra eski eserlerle ilgilide katalog bulundurulmaktadır . 2000 yılında restorasyon çalışmaları yapılmış olup buradaki yazma eserler Süleymaniye Kütüphanesine bağışlanmıştır .
